Церковь во имя святителя Николая Мир Ликийских Чудотворца возводится в Костроме по адресу улица Лесная, 15, на месте разрушенного в первой половине XX в. Христорождественского храма на Дебре.
Впервые деревянная церковь Николая Чудотворца упоминается в письменных источниках от 1628 года. Летописи говорят о церкви «Николы чудотворца мокрой, на Костроме на посаде на Дебре».
Это был традиционный для того времени храмовый комплекс из теплого зимнего храма во имя Николая Чудотворца и неотапливаемого летнего храма Рождества Христова, с двумя приделами во имя преподобных Авраамия Ростовского и Сергия Радонежского.
«У сей церкви», говорит старинная опись, «двор попов, двор дьяконов, в приходе же шестьдесят три двора.»
Посад на Дебре возник в Костроме не позднее середины XIII века. Тогда этот уголок города представлял собой густо заросший кустарником волжский берег. Отсюда и древние названия улиц: Лесная, Нижняя и Верхняя Дебря.
Святитель Николай Чудотворец издавна почитается на Руси как покровитель путешествующих по воде. Храмы этого святого украшают набережные многих приволжских городов. Так было и в Костроме. Именно по этой причине, а также вероятно, в воспоминание чуда святителя Николая, произошедшего в Киеве около XI века, храм носил второе, народное название — Никола-Мокрый.
И это неудивительно. Ведь в период весеннего разлива Волги, вода доходила до самой ограды, а нередко и до стен церкви.
Эти неблагоприятные условия отрицательно влияли на церковные строения. С течением времени Никольский храм был перестроен в каменный, а Христорождественский утеплен.
Однако в восемнадцатом веке, сильно обветшавшие к тому времени храмы решено было полностью перестроить.
По документам консистории, в июле 1733 года «был запечатан указ о строении церкви по челобитью города Костромы церкви Николая чудотворца Мокраго, попа Алексея Дмитриева. Велено против его челобитья в городе Костроме вместо ветхих церквей и придела, теплой церкви Рождества Христова да другой, каменной церкви, Николая Чудотворца с приделом преподобнаго Сергия Радонежскаго Чудотворца построить вновь на том же месте каменныя теж престолы. Настоящую церковь во имя Рождества Христова, да придел Сергия преподобнаго, в теплой — Николая чудотворца.»
Новая церковь, в стиле нарышкинского барокко, с шатровой колокольней и оградой была построена в 1734 г. на средства прихожан. В храме было три престола: в честь Рождества Христова, во имя святителя Николая Чудотворца и Феодосия Черниговского, а также в колокольне — во имя преподобного Сергия Радонежского.
В феврале 1736 года велено было «построенныя вновь каменныя церкви, настоящую холодную во имя Рождества Христова с приделом Сергия Радонежскаго чудотворца, да при той же настоящей церкви для зимняго времени теплую каменную ж церковь во имя Николая чудотворца освятить.»
Известно, что храм был богато украшен изразцами, вмонтированными в стены.
Трагический для России двадцатый век вписал свою темную страницу в летопись Никольского храма на Дебре: богоборческие власти вынесли святыне, особо выделяющейся среди прибрежных построек, свой приговор. В 1930 году церковь, якобы по требованию рабочих мукомольного завода, который находился рядом, была закрыта, а еще через пять лет — разрушена.
Новая жизнь храма берет отсчет 10 декабря 2014 года. Именно тогда епископом Костромским и Галичским Ферапонтом был освящен закладной камень на месте будущего строительства. Стоит отметить, что молебен по случаю закладки храма посетили и представители городской и областной администрации.
27 декабря 2016 года в Костромской области произошло значимое событие — определением Священного Синода Русской Православной Церкви была образована Костромская митрополия, путем разделения Костромской епархии на два: Костромская епархия, которую возглавил митрополит Костромской и Нерехтский Ферапонт, и Галичская епархии, которую возглавил епископ Галичский и Макарьевский Алексий.
11 августа 2024 года, при настоятельстве иерея Николая Попова, храм святителя Николая на Дебре был освящен Великим чином, который совершил митрополит Костромской и Нерехтский Ферапонт.
В декабря 2025 года храм определен как подворье Галичской епархии в городе Кострома и передан в юрисдикцию Галичской епархии, где настоятелем стал управляющий Галичской епархией — епископ Галичский и Макарьевский Алексий.